Команда была создана на базе завода имени С. П. Горбунова. Названия команды в силу того, что она представляла оборонное предприятие, которое нуждалось в некотором режиме секретности, постоянно менялись — Команда Ленинского района (она же п/я 747), «Крылья Советов», «Искра», «Рубин».
С 1948 года участвует в чемпионате РСФСР. Лидерами команды в конце 40-х — начале 50-х были Виктор Бойков, Арам Мусаилов, Григорий Руненков, Иван Ноктиков, Константин Сундатов.
В период с 1948 по 1957 годы заводчане 3 раза занимали 3-е и 6 раз 2-е место в Поволжской зоне первенства РСФСР. В 1956 году команда пробилась в финальную пульку, которая проводилась в Грозном, но заняла в этом турнире лишь 9-е место из 13.
В премьер-лиге чемпионата России играет с 2003 года. Сразу же после выхода в высший дивизион клуб завоевал бронзовые медали, а в 2008 году, к своему 50-летнему юбилею, стал чемпионом за 3 тура до окончания чемпионата.
Сезон 2009 «Рубин» открыл матчем за Суперкубок России против ЦСКА. Основное время матча закончилось вничью — 1-1 (голы забили: у «Рубина» — Роман Шаронов, у ЦСКА — Дейвидас Шемберас), во втором овертайме ЦСКА вырвал победу за счет гола Томаша Нецида. «Рубин», как победитель чемпионата был номинальным хозяином, хотя матч проходил в Москве.
В 1 туре ЧР-2009 казанцы принимали краснодарскую "Кубань", и разгромили гостей со счетом 3:0, дубль оформил Бухаров, гол на свой счет записал капитан команды Сергей Семак. В следующих двух турах игроки "Рубина" не смогли забить, но и не пропустили ни одного гола в играх со "Спартаком (НЧ)" и ФК "Москва". Непростой выезд в Грозный в четвертом туре, благодаря голам Семака и Домингеса закончился победой со счетом 2:1. Алехандро Домингес, Роман Шаронов и динамовец Комбаров, забивший гол в свои ворота, установили окончательный счет 3:0 в домашнем матче с "Динамо". Первое поражение в сезоне казанцы потерпели в 6м туре от московского "Спартака" 0:2. После чего разозленные действующие чемпионы отыгрались на попавших под "горячую ногу" "Сатурне" - 5:0 (хет-трик оформил Домингес), и "Томи" 4:0. Выезд в Пермь чуть было не закончился поражением, но благодаря голу капитана казанцев Сергея Семака на 95 минуте, удалось вырвать ничью (2:2). 10 тур ознаменовался домашней победой над "Локомотивом" 2:0 и возвращением "Рубина" на первую строчку в таблице.
Основной состав:
№1 Вр Сергей Козко 1975 №29 Вр Нукри Ревишвили 1987 №77 Вр Сергей Рыжиков 1980 №2 Защ Степан Томас 1976 №3 Защ Кристиан Ансальди 1986 №4 Защ Сесар Навас 1980 №9 Защ Лаша Салуквадзе 1981 №19 Защ Виталий Калешин 1980 №22 Защ Александр Орехов 1983 №24 Защ Алексей Попов 1978 №27 Защ Дато Квирквелия 1980 №76 Защ Роман Шаронов 1976 №5 ПЗ Пётр Быстров 1979 №6 ПЗ Макбет Сибайя 1977 №7 ПЗ Сергей Семак (капитан) 1976 №8 ПЗ Махач Гаджиев 1987 №15 ПЗ Александр Рязанцев 1986 №16 ПЗ Кристиан Нобоа 1985 №23 ПЗ Евгений Баляйкин 1988 3№2 ПЗ Андрей Горбанец 1985 №61 ПЗ Гёкдениз Карадениз 1979 1№0 Нап Алехандро Домингес 1981 №11 Нап Александр Бухаров 1985 №14 Нап Сергей Ребров 1974 №21 Нап Роман Адамов 1982 №99 Нап Хасан Салих Кабзе 1982
